Toimikunta on yhdistyksen tärkein, sillä se järjestää TLY:n alueen lintuhavaintojen keruun. Toimikunnan vastuulla ovat lintuhavaintoarkisto, sekä suo- ja järvilintuarkistot.

Toimikunta järjestää yhdessä tutkimustoimikunnan kanssa ajoittain erikoisprojekteja, joissa selvitetään esim. jonkun tietyn lintulajin esiintymistä tai jonkin alueen linnustoa. Viimeisimmät lajikohtaiset projektit ovat olleet peltosirkkuprojekti vuonna 2001 ja pikkulepinkäisprojekti vuonna 2002. Vuonna 2003 kartoitetaan selkälokkeja ja laulujoutsenia.

Havaintotoimikunta on jatkuvassa yhteydessä Linnut-lehden raporttitoimittajiin ja huolehtii siitä, että TLY:n alueen lintuhavainnot tulevat mukaan valtakunnallisiin katsauksiin. Havaintoja käytetään tietenkin myös Ukulin vuodenaikaiskatsauksissa.

Havaintotoimikunnan puheenjohtaja on Sampo Kunttu.